無料文献検索を使おう!PubMed 使用マニュアル 初級編   2008-05-18update


メドラインマニュアル初級編 みんなで世界中の情報をGETしよう。各自で翻訳して掲示板に書き込んでくれると幸いです。

PubMed とは

 PubMed は米国立医学図書館(NLM:National Library of Medicine)内の National Center for Biotechnology Information (NCBI) が公開している文献検索システムです。世界最大の医学文献データベースである MEDLINE の全文献に加えて、MEDLINE 収載直前の文献、医学出版から電子的に供給される文献情報を網羅しております。利用料はPubMed は無料です。PubMed のURLは http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ です。
 ・アクセスすると以下の画面が現れます。


図1

検索語句入力BOX
検索語と条件式を入力 、GO=実行データーベースを選択
通常、PubMedですが、ここが違うデーターベースを選択すると検索結果が出ないことがあるので「PubMed」となっているか注意して下さい。

検索の方法

検索には、AND、 OR、NOTなどの演算子と中級編で紹介するタグなどで組み合わせた条件式で検索します。検索語は英語のみです。大文字、小文字は関係無く、半角英文字で入力して下さい。

図2  OR検索とは AND検索とは NOT検索
検索語A_OR_検索語Bと入力すれば検索語AとBを含む
検索語A_AND_検索語BはAとBの両方の条件を満たす
検索語A_NOT_検索語BはAからBの条件を除く 

検索結果の数値は資料作成時のものとなります。 2008-05-18(更新)

具体例1                                    

Crohn's disease(クローン病)とActemra(抗IL-6レセプター抗体の商品名)をいずれかを含むという条件式を設定したい場合は入力BOXに
  ↓半角スペース 
Crohn's disease_OR_Actemraと入力します。この条件でのヒット数は27,729件です。Crohn's diseaseでのヒット数は27,728件、Actemra抗IL-6レセプター抗体の商品名)のヒット数は2件です。キャッスルマン病とクローン病の文献がそれぞれ1件あります。
「 _ 」の記載は半角スペースをおいてください。半角スペースであると表現が難しいので_を便宜的に入れてあります。

具体例2                         
Crohn's diseaseActemraの両方の条件を満たすという場合は入力BOXにCrohn's disease_AND_Actemraと入力します。1件しかヒットしません。本当はもっとあります。これは、検索語の選定が良くないと文献の検索漏れが出てくることになります。

Actemraのヒット数は 2件でしたが、これを開発名称の"MRA"を入力します。ヒット数は 3,657件です。MRAは色々な略称に使われているようですが、IL-6に関与する開発薬としての略称ということで検索してみましょう。
MRAとIL-6の両方の条件を満たすという場合は入力BOXにMRA_AND_ IL-6と入力します。50件のヒットします。
抗IL-6レセプター抗体の一般名称として検索した場合は、検索語にtocilizumabを入力します。

Crohn's disease_ AND_ tocilizumab で10件と増えましたね。

ちなみにリウマチでは、RA_AND_tocilizumabという検索式になり、20件に増えます。リウマチはRAと略されます。
CASTLEMAN_AND_tocilizumabで4件あります。
tocilizumabのみの検索では70件あります。

検索キーワードで、英語の検索に於いては、単語と単語の間にスペースがあると実は検索結果が変わってしまいますので、一単語として認識させたい場合は“”で囲って下さい。
検索結果は118件です。検索後を変えることにより、多くのヒット数を得ることも出来ますし、反対に絞り込むことも可能です。これは、GoogleやYahoo!の英語圏の検索も同様です。
下記がその例です。(検索結果のヒット数は古いです。)

図3  

ヒット件数
ハイパーリンクのところをクリックすると抄録があれば表示されます。
図4は、実を言うと1.の文献は抄録の頭に収載雑誌へのバナーが、小さい画面で切り出すのにジャマでしたので、別の文献を表示させてていますのであしからず。

図4

保存する場合は、Textを押して下さい。テキスト表示されます。そのまま、HTML形式で保存することも出来ますし、ファイル名をつけてテキスト形式で保存も出来ますが、せっかくですからテキスト形式のボタンを使うのをお勧めします。→図5へ
やり方は色々あるのですが(^_^;)

Orderボタンは押さないで下さい。  (saveは拡張子fcgi形式もしくはファイル数が多くなりますのでWEBの知識のない方は使わない方が良い。)
(文献発注は、国内の専門業社の方が便利。)

表示されました文献を読んで頂き、自分が必要な文献かを判断して下さい。検索語が略称である場合、必ずしも自分が意図しているものと違う場合が多いです。

図5

ファイルのところをクリックし名前を付けて保存をクリック。ファイル形式をテキスト形式で保存して下さい。
具体例3
Percutaneous endoscopic gastrostomy経皮内視鏡的胃瘻造設術:PEG*)で長期間の成績で合併症を含まないものを検索します。

"Percutaneous endoscopic gastrostomy"_AND_ "long term"_no complicationは71件です。

ちなみに、"Percutaneous endoscopic gastrostomy"のヒット数1,493件、"long term"は355,616件
complication(合併症)は121,450件となります。今回 NOT complication合併症を除外するという検索式をたてようと思ったのですが、
no complicationなら登録されていると検索式の候補が表示されたので、上記に検索式を指定しています。

"Percutaneous endoscopic gastrostomy"_AND_"long term"で294件

PEG(ペグ)とは、経鼻チューブではなく、内視鏡を用いて胃に穴をあけて、チューブを設置し、そこから経腸栄養剤を投与する方法です。老人医療、脳神経外科領域で爆発的に増えていますが、クローン病では、瘻孔自体治りにくい病気なのであくまでも、経鼻チューブがどうしてもだめな場合行う方法ですので誤解の無いように願います。

検索語選択の際の注意点
例えば、PEGという検索語が、percutaneous endoscopic gastrostomyでもありますと共にpolyethleneglycos(ポリエチレングリコール類)の略称でもあります。そういった意味でフルターム入れる方が確実すが、略称の方でキーワードが登録されているケースもあります

検索語は、MeSH Termsというメドラインで定義されたキーワード、abstract(抄録)の文中、標題に記載されていればヒットします。

注意: 赤茶色アイコンのステッドマン医学辞書(CD-ROM版)の単語BOXから検索BOXにコピーして張り付けると、全角英数文字になり検索出来ませんので、半角に入力し直す必要があります。緑色アイコンのステッドマン医学辞書 第5版は、直接貼り付け可能です。


検索式のand、or、not等がうまく機能しない場合は大文字で入力して下さい。
*ヒット件数は、マニュアル作成時の数であることをご了承下さい。

中級編


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